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El Plan de estudio de la Carrera está conformado por las siguientes Asignaturas:
1. Epistemología y Sociología de las ciencias  
2. Metodología de la investigación
3. Métodos cuantitativos y análisis estadístico
4. Métodos cualitativos
5. Administración y Gestión de la Investigación
6. Diseños de instrumentos
    
Para la orientación al perfil disciplinar de Ciencias Humanas y Sociales, además de las 6 asignaturas básicas anteriormente mencionadas, se deben cursar y aprobar:
7. Teoría del muestreo y Análisis de datos cuantitativos y cualitativos para investigadores sociales con apoyo informático: SPSS y NUDIST y otros
8. Método biográfico y análisis del discurso
Actividades de integración
9. Seminario Permanente de tesis

Para la orientación al perfil disciplinar de Ciencias Naturales además de las 6 asignaturas básicas anteriormente mencionadas, se deben cursar y aprobar:
7. Diseño experimental e inferencia estadística
8. Modelos de simulación
Actividades de integración
9. Seminario Permanente de tesis

Para la obtención del título de Magíster Scientiae en Metodología de la Investigación el posgraduando debe elaborar y aprobar un Trabajo de Tesis.