El Programa de Doctorado de las Facultades de Ciencias Económicas; Ciencias de la Educación y Trabajo Social de la UNER, traza una perspectiva conceptual en tres niveles, transdisciplinario, especializado y metodológicamente fundamentado. Se asume que la transdisciplinariedad es una característica inherente y esencial a las ciencias sociales. El Doctorado propende a la formación transdisciplinar considerándola como una fuente fértil de creatividad científica, incluso como un
aspecto clave y decisivo del proceso de investigación. En este marco, se asume que la especialización y el análisis de objetos específicos, encuentra en la transdisciplina el modo de lograr un mayor grado de complejidad y robustez en las explicaciones propuestas, ganar en originalidad y profundidad en los argumentos y al mismo tiempo mejora la fundamentación del abordaje propuesto por los doctorandos/as.
Naturalmente, este tipo de estrategia requiere una adecuada combinación de instancias de formación tanto orientada a la comprensión de los fundamentos de las ciencias sociales a nivel tanto ontológico como gnoseológico, y de instancias de formación específicas que permitan profundizar en teorías de alcance intermedio sobre temas particulares. Finalmente, para completar una estrategia de formación transdisciplinar en sus fundamentos y especializada en su contenido, se requiere de una adecuada formación en torno a los problemas y enfoques metodológicos de las ciencias sociales. A lo que debería agregarse un manejo adecuado de las herramientas de análisis que se encuentran en la frontera tecnológica aplicada a los estudios empíricos.
En términos generales, la confluencia de diferentes programas de investigación social le han permitido a la UNER, desarrollar capacidades distintivas en cuatro grandes áreas de las ciencias sociales aplicadas, a saber: los estudios comunicacionales, artísticos y educativos; estudios sobre el desarrollo socioeconómico; estudios políticos y sobre la estatalidad; estudios críticos sobre la decolonialidad, el género y el medio ambiente. Estos campos de investigaciones específicas tampoco se ajustan a una frontera disciplinar convencional, sino que por el contrario son el resultado de múltiples disciplinas y perspectivas, y están orientadas por las principales líneas de investigación desarrolladas en la UNER y el INES (CONICET-UNER), con las que el Doctorado mantiene una estrecha relación.